Důsledky okupace pro obec do roku 1942
Okupace českých zemí, zřízení Protektorátu Čechy a Morava a hlavně snaha nacistů zapojit české hospodářství do svých válečných plánů se odrazila i v životě menších obcí.
Systém politických stran se rozpadl po Mnichovu, a tak výraznými znaky omezení svobody a postupného zavádění válečného hospodářství bylo zavedení lístkového systému na potraviny, oděvy a další zboží, a také, což se dotklo zemědělců nejvíce, konec volného obchodu se zemědělskými produkty. Rozpisy dodávkových úkolů byly přijímány s obavami velkou většinou rolníků.
Okupace ukončila činnost většiny spolků. Veškeré společenské zábavy byly zakázány, povolovány byly pouze poslechové koncerty. Kroužek divadelních ochotníků nebyl sice oficiálně zrušen, jeho činnost byla však minimální. Německá správa nezrušila ani vesnické hasičské sbory, protože zde byl zájem o co nejlevnější požární ochranu hospodářských objektů. Z příkazu vyšších míst byl v obci ustaven oddíl Kuratoria pro výchovu mládeže, který uskutečnil několik sportovních akcí na místním hřišti.
V tomto období byl také zrušen Masarykův sad, jež byl vybudován v meziválečném období dosti velkým nákladem v dolní části návsi.
Jeden pokrok však můžeme zaznamenat- v lednu 1942 byl do obce zaveden telefon. Veřejná hovorna byla umístěna k obchodníku Matějovi, další aparáty byly v radnici a v soukromém bytě správce statku.
Jako dozor pro správné vykonávání příkazů okupační správy byli do obce dosazováni tzv. tajemníci obce. První tajemník Jerie skončil po ročním působení sebevraždou, v srpnu 1941 byl na jeho místo dosazen bývalý člen pohraniční stráže F. Musil; ten ze své funkce odstoupil až po osvobození.
Heydrichiáda
Vcelku poklidný život obce přerušily události spojené s atentátem na zastupujícího říšského protektora, šéfa hlavního říšského bezpečnostního úřadu, SS-obergruppenfuhrera a generála policie Reinharda Heydricha. Zlom nastal v okamžiku, kdy fašisté zjistili, že muž, který 27. května 1942 v 10.31 hodin v Praze vrhl na Heydrichovo auto granát, byl rodák z Dolních Vilémovic Jan Kubiš.
Tento statečný muž se narodil 24. 6. 1913 v rodině rolníka. V druhé polovině 30. let působil jako délesloužící v čs. armádě. Krátce po obsazení českých zemí uprchl do ciziny a po krátké epizodě v cizinecké legii se dostal do čs. jednotek ve Francii. Za prokázané hrdinství v bojích na Loiře obdržel francouzský válečný kříž. Po okupaci Francie přešel do Velké Británie. Protože Čs. samostatná smíšená brigáda do boje s nepřítelem zatím nezasahovala, přihlásil se do výcviku pro nasazení v týlu nepřítele. Základní výcvik prodělal na základně Camush Derrah, parašutistický výcvik na letišti Ringway u Manchesteru, a konečně speciální školení v Bellasis u Dorkingu.
Spolu s přítelem Jozefem Gabčíkem tvořili skupinu Anthropoid, která byla vysazena v noci z 28. na 29. prosince 1941 asi 20 km východně od Prahy. Tato skupina měla jediný úkol – likvidaci R. Heydricha. Po pěti měsících příprav byl atentát za pomoci dalších parašutistů z jiných skupin proveden. Po selhání Gabčíkova samopalu provedl rozsudek nad vyhlášeným katem českého národa Jan Kubiš.
Tehdy ještě v obci nikdo nic netušil. Dnes těžko říci, jestli a kdo z rodiny věděl, že Jan je v Praze. Ani gestapo, usilovně pátrající po atentátnících, nemělo o jejich totožnosti ani potuchy. První obrat přinesla až zrada Karla Čurdy a úplnou jistotu získalo gestapo až po akci v chrámu Cyrila a Metoděje v Praze, kde 18. 6. 1942 padl se svými šesti spolubojovníky také Jan Kubiš. Byl zasažen německým granátem při přestřelce na kůru. Po ověření totožnosti se gestapo rozhodlo provést odvetné akce přímo v rodině Jana Kubiše.
Po čtrnáct dnů, den co den, navštěvovali úředníci gestapa obec. Třicet sedm příbuzných J. Kubiše bylo odvezeno do vězeňského tábora v Terezíně. Po dvou měsících byli někteří propuštěni, nejbližší členové rodiny však byli odvezeni do Mauthausenu a tam 24. 10. 1942 popraveni. Fašisté se pomstili na nevinných.
V letních měsících r. 1942 se začaly v obci šířit zprávy o tom, že Dolní Vilémovice stihne osud Lidic. Nasvědčovaly by tomu jakési vyměřovací práce, prováděné cizími topografy, a fotografování obce ze všech stran. Pravdivost těchto zpráv, účel měřících prací, a také důvody, proč se pověstní fašističtí vrahové nemstili na obci, zůstávají až do dnešních dnů předmětem diskusí a úvah. Těžko předpokládat, že pozadí těchto faktů se někdy podaří zcela objasnit. (O obětech fašistické okupace viz příloha č.5)
Léta 1943-44
Popravám v Dolních Vilémovicích však ještě nebyl konec. Na první jarní den roku 1943 byl gestapem zatčen místní rolník Karel Denemarek, který poskytl pomoc veliteli výsadkové skupiny Bivouac Františku Pospíšilovi, když unikl z gestapácké léčky v Brně a zraněný hledal úkryt v rodném kraji. Nakonec byl dopaden v Praze a mnozí z těch, kteří mu pomáhali, zaplatili životem. Karel Denemarek byl vězněn na Pankráci a zde byl spolu s rešickým občanem Františkem Hejkalem 19. dubna 1944 popraven. Rodiče K. Denemarka, Antonín a Marie, zahynuli v koncentračních táborech.
V březnu 1943 byla provedena registrace mužů od 18 do 65 let a žen od 17 do 45 let v souvislosti se zavedením pracovní povinnosti. Brzy nato odešlo z obce 16 mladých lidí na práce do Německa, většinou do továren. V prosinci 1943 odešli další. Poslední velké povolávání proběhlo začátkem prosince 1944, kdy tři ročníky zemědělské mládeže byly nuceny odejít na budování zákopů. Kromě toho byli na práci do úřadů povoláni také učitelé, takže místní škola byla r. 1944 redukována na jednotřídku a byly prodlouženy vánoční prázdniny. Správou školy byla pověřena učitelka B. Treterová, protože dosavadní správce J. Brabec v listopadu 1944 zemřel.
Již v červenci 1944 mohli občané poprvé pozorovat hromadný přelet spojeneckých bombardérů a v obci byla z nařízení úřadů zřízena protiletecká obrana. Válka vstupovala do rozhodující fáze.
Osvobození
Koncem března 1945 byla obec zaplavena proudem uprchlíků německé národnosti, prchajících před Sovětskou armádou. Musela pro ně být vyklizena školní budova.
Za necelý měsíc, 22. dubna, kdy Sovětská armáda stála na přístupových cestách k Brnu, byl v obci vyhlášen výjimečný stav. Platil zákaz nočního vycházení a shromažďování. Někteří občané začali ukrývat cenné věci a budovat úkryty i pro sebe. Docházelo k mnoha sporům mezi tajemníkem Musilem a rolníky, kteří odmítali odvážet německé uprchlíky na nádraží do Vladislavi. Počátkem května se v okolí objevily partyzánské jednotky. Ještě před přechodem fronty byl ustaven národní výbor, jež byl připraven převzít správu obce.
7. května, když se fronta přiblížila na krátkou vzdálenost, byla obec prakticky vystěhována. Po bombardování okolních Dalešic a Valče převážná část obyvatel na radu partyzánských velitelů hledala úkryt v lesích. Po jednom dni stráveném mimo domov se ovšem většina vrátila do vesnice, jež byla stále ještě na německé straně fronty.
První sovětské tanky přijely do obce 8. května hodinu před půlnocí. Byly to součásti 6. gardové tankové armády 2. ukrajinského frontu, jíž velel generálplukovník A. G. Kravčenko. Tanky přijely po cestě od Třebenic, nikde nezastavovaly a pokračovaly v cestě směrem na Jaroměřice nad Rokytnou. Jiná tanková kolona postupovala od Třebenic přímo na Třebíč Zde jim stálo v cestě německé obranné postavení na linii Klučovská hora-Okrašovice. Po krátkém boji německé jednotky ustoupily.
9. května přijely další jednotky Sovětské armády – byly to převážně vozatajské oddíly, které v obci měnily koně. V následujících dnech projelo vesnicí ještě několik jednotek. Někteří obyvatelé pomáhali odvážet raněné vojáky a bojový materiál z Třebenic do Třebíče.
V následujících dnech se konalo několik zasedání národního výboru. Byly ustaveny dvě důležité komise – jednak to byla komise parcelační, která měla za úkol připravit rozparcelování pozemků místního valdštejnského statku, jednak komise, jež se měla zabývat několika spornými obviněními z kolaborantství.